|
|
Regulace funkce proteinu STING během infekce myším polyomavirem
Šnejdarová, Aneta ; Horníková, Lenka (vedoucí práce) ; Pimková Polidarová, Markéta (oponent)
Stimulator of interferon genes (STING) je adaptorovým proteinem signalisační dráhy vrozené imunity, účastnící se detekce dvouvláknové DNA (dsDNA) v cytoplasmě buňky, která ústí v expresi prozánětlivých genů včetně produkce interferonu I. typu. Během infekce dsDNA virem, myším polyomavirem (MPyV), sice dochází k aktivaci proteinu STING, ale výsledná produkce interferonu je pouze mírná. Lze tedy předpokládat, že v buňkách infikovaných MPyV je funkce proteinu STING regulována. Cílem této diplomové práce bylo prozkoumat tři mechanismy, kterými může k regulaci docházet, a to prostřednictvím proteinových interakčních partnerů, posttranslačních modifikací, nebo změny vnitrobuněčné lokalisace proteinu STING. Pro usnadnění výzkumu byla ustanovena linie myších fibroblastů stabilně exprimující proteinu STING fúzovanou s HA-kotvou. Dále byly připraveny dva plasmidy kódující protein STING fúzovaný se zeleným fluorescenčním proteinem, usnadňující sledování lokalisace proteinu v buňce, či s kompositní kotvou obsahující in vivo biotinylovanou značku BioEaseTM tag umožňující efektivní isolaci proteinu STING. Výsledky pozorování kolokalisace v buňce a koimunoprecipitace naznačují, že by protein STING mohl interagovat s virovým středním T antigenem. Byla nalezena i neočekávaná interakce s virovým velkým T antigenem....
|
|
|
Expression of ubiquitin ligases in gastrointestinal tract
Pícková, Markéta ; Sedláček, Radislav (vedoucí práce) ; Čermák, Lukáš (oponent)
Ubiquitin (Ub) ligázy jsou důležité regulační a signální enzymy, které se účastní většiny přirozených dějů v buňce, jako je diferenciace, oprava poškozené DNA, regulace energetického metabolismu či imunitní reakce. E3 Ubiquitin ligázy jsou také zodpovědné za patofyziologické změny v organismu a jejich činnost je spojována s řadou významných lidských chorob, včetně nádorových onemocnění. To z nich činí nadějný diagnostický a farmaceutický cíl. Dle dřívějších výsledků vykazují tyto enzymy značně specifickou expresi na úrovni buněčných typů nebo tkání. Zmapování této specifické exprese je důležité pro určení jejich biologické úlohy. V této diplomové práci bylo systematicky zmapováno 370 genů E3-Ub ligáz v gastrointestinálním traktu za normálních podmínek a během akutního zánětu tlustého střeva. Získaná data nám umožnila vyselektovat geny, které mohou hrát důležitou roli, jak v udržování homeostázi, tak v patofyziologických procesech a regeneraci gastrointestinálního traktu. Práce se opírá o expresní profilování jednotlivých tkání trávicí soustavy pomocí qPCR, které je doplněno in situ hybridizací, pro přesnější určení lokalizace exprese daného genu ve tkáni. Analýzou qPCR výsledků bylo predikováno sto třicet sedm kandidátů, které regulují fyziologickou funkci trávicí soustavy a třicet čtyři genů...
|
|
|
Studium ubiquitinace proteinů DELLA
Breineková, Alžběta
Posttranslační modifikace (PTM) proteinů reprezentují fascinující rozšíření dynamické komplexity proteomu živých buněk, ale představují i značnou překážku v analýze proteomu. Identifikace a mapování PTM proteinů se výrazně vylepšily, avšak pro pochopení složitých mechanismů a biologických funkcí je třeba zabývat se také proteiny s velmi nízkou abundancí. V této diplomové práci s názvem Studium ubiquitinace proteinů DELLA byl použit standard rekombinantního proteinu. Je tak poukázáno na možnost jeho využití pro determinaci in vivo modifikovaných peptidů rodiny DELLA proteinu RGA. Pro sekvence peptidů byla navržena SRM analýza pro detekci místa ubiquitinace. Výsledky této analýzy a MS/MS dat poukazují na lokalizaci modifikace v konzervované N-terminální oblasti proteinu RGA.
|
|
|
Interakce rostlin s pathogeny: význam proteasomu a cytoskeletu
Zelená, Pavla
Modifikace proteinů ubiquitinem je jeden z regulačních procesů v eukaryotických buňkách a rostliny používají tuto modifikaci při reakci na exogenní a endogenní podněty. Stále více důkazů naznačuje, že ubiquitin- proteasomový systém je klíčový prvek při reakci na biotický stres. Tato práce s názvem Interakce rostlin s patogenem: význam proteasomu a cytoskeletu popisuje úlohu proteasomu v rostlinné signalizaci a stručně shrnuje interakce mezi cytoskeletem a patogenem a nastiňuje roli cytokininů při interakci rostliny s patogenem. V experimentální části byla pomocí několika rozdílných přístupů sledována signalizace proteasomu. Byla sledována růstová odezva, využita metoda pro identifikaci substrátů proteasomu a analyzovány změny cytoskeletu pomocí konfokální mikroskopie. Výsledky ukazují, že použité metody budou užitečné i pro studium interakcí rostlin s patogeny.
|
host ::
RSS.